Olá, Thiago.
Infelizmente vez ou outra estes comandos de subida do vidro dão problema. Até hoje não vi por aqui nenhuma dica que resolvesse em definitivo esta questão.
Sinceramente, eu desencanei com isso e simplesmente não subo os vidros pelo controle, pois ora sobem e ora não, deixando o carro vulnerável. Assim, esqueço que carro tem (ou deveria ter) esta função e não a utilizo.
Tenho outro Eco com alarme instalado e nunca os vidros deixaram de subir pelo controle. Dos carros que já tive, pelo menos uns seis também tinham esta função (eu sempre instalo o módulo de conforto) e também nunca deram o menor problema...
Mas desde que comprei o EcoSport 2.0 2009 com "subida automática pelo controle", deixei de usar esta função para não ficar com raiva o tempo todo. Só não instalo outro alarme porque tentei em outro Eco com a mesma função e o sistema original é tão ruim que dificulta a instalação de outro alarme.
Com o tempo você se acostuma a subir os vidros quando para o carro...
Contudo, a característica que você citou parece ter algo a ver com o sistema de anti-esmagamento, e talvez possa ser corrigida.
De qualquer modo, aguarde a opinião de outros usuários, talvez mais otimistas do que eu quanto a este assunto.
Abs