Tive uma ECO 2005 que apresentou este problema. No início, achava que a água entrava por algum vidro aberto ou mesmo por baixo do carro, pois só notava o carpete (muito) molhado. Até que, após deixar o carro por 15 dias no estacionamento de um aeroporto, ao retornar abri a porta traseira e coloquei o notebook no chão, atrás do banco do motorista. Quer dizer, pensei que era no chão, pois ele mergulhou no que comparo com uma pequena piscina... Por pouco não perdi o note... Viajei por 130 km até minha casa com a água indo e vindo dentro do carro.
Na concessionária, ninguém resolveu o problema. Procurei capotarias que também não ofereceram nenhuma solução definitiva, até que um capoteiro me aconselhou a procurar o vazamento eu mesmo. Após retirar o quebra sol do lado esquerdo, retirar a forração e pedir que minha esposa ficasse jogando água com uma mangueira, descobri o vazamento.
Vou repetir a descrição feita por Flavio.mac, pois foi exatamente igual:
"A água caía do teto, escorria pelo forro e caía no acabamento da coluna "A", depois caía dentro da borracha que envolve toda a lateral onde a porta bate até chegar ao assoalho."
Vamos à solução: vedei internamente com resina epóxi (Durepoxi) e problema resolvido.